发布日期：2024-11-01 12:11 点击次数：72
以PacBio公司的SMRT单分子及时测序时期（Single molecule real-time sequencing）为代表的三代测序时期具有无需PCR扩增富集、超长读长、碱基检测无偏好性和系统性偏差、一致性准确率高、原位及时径直检测DNA修饰等显赫上风，已被阐发能大幅更正微生物/动植物单个物种全基因组序列图谱的绘画才气勾引 处男，作念到“零Gap”拼装。那么，关于更为复杂的微生物组领路，三代测序的效用怎么？
1. 基于三代测序时期的各样性构成谱笼统领路 在以16S/18S rRNA基因或ITS区域为盘算序列的菌群各样性构成谱测序盘问中，罗氏454、Illumina等二代测序平台一般只可对单个或连气儿的两三个可变区序列进行测序分析，常常情况下无法获取rRNA基因全长序列的信息，因而频频难以在属、种以致菌株等笼统水平识别测得的序列，难以获取“高分离率”的微生物物种信息，菌群中大王人成员对应的物种信息仍处于“暧昧”情状，关于开阔盘问者而言无异于信息资源的“销耗”，是一个亟待攻克的坚苦。 而以PacBio公司的RS II和最新的Sequel测序系统为代表的三代测序时期，则有望从根底上一举处理上述困扰开阔盘问东说念主员的心头之痛。领先，利用PacBio公司专利的SMRT单分子及时测序时期，不错对DNA序列完了单分子级别的超长读长测序，因而随机松驰读取微生物的rRNA基因全长序列；其次，通过PacBio所特有的环形一致性测序时势（Circular-consensus sequence，CCS），不错极地面提高单碱基测序的准确率，一般而言，将rRNA基因全长序列轮回测序5~6次后，获取的一致性序列的准确率不错达到99.99%（QV40）以上，远远杰出了二代测序的准确率，从而充分保险获取的rRNA基因全长序列的精确性。基于以上两点，PacBio的SMRT测序时期随机大大提高咱们在种以致菌株等笼统水平领路菌群结构各样性的才气。咱们也把PacBio RS II和Illumina MiSeq的测序扫尾作念过一些浅陋的比拟分析：对合并个细菌群落样本的16S rRNA基因进行测序，在疏通测序深度下，PacBio RS II的全长测序在种水平的分离才气大大杰出了Illumina MiSeq的短片断测序，使菌群构成得到精确领路；不仅如斯，Illumina MiSeq会产生大王人“无法笃定包摄”的物种，但这些物种的分类学信息王人能通过PacBio RS II全长测序得到准确识别。
2. 案例领路 标题：利用三代测序时期完了对菌群各样性构成谱的“高分离率”领路原文聚会： 盘问配景： 畴前十多年中，跟着短读长、高通量二代测序的兴起，以16S rRNA基因部分可变区序列为盘算的分析门径，平定替代了基于rRNA基因全长克隆文库的一代Sanger测序法，使咱们能对菌群构成进行深度定量领路。相关词，由于二代测序读口角的特质，咱们无法对测得物种进行精确的分类武断，从而截止了咱们对菌群代谢功能的深远意会。跟着三代SMRT测序时期的出现，咱们有望从根底上处理这一瓶颈，完了对rRNA基因全长序列的高通量精确测序。 盘问门径： 样原本源：23种细菌和3种古菌构成的东说念主工菌群，以及取自湖水的自然微生物群落样本 测序平台：PacBio RS II（16S rRNA基因全长）+Illumina MiSeq（16S rRNA基因V4区） 对两种测序平台的测序扫尾进行各样性构成谱分析，并通过筹划机模拟，比拟16S rRNA基因全长序列和单V区序列的物种分离才气。 盘问扫尾： 把柄两种平台的测序扫尾，门水平的菌群构成较为雷同，但在更笼统的水平存在各异。同期，三代测序的扫尾显赫裁汰了物种分类信息的不笃定性。筹划机模拟的扫尾也标明，短读长的单V区测序可能严重低估某些特定类群的微生物，比如水体样本中参与氮轮回和甲烷代谢的物种。因此，基于三代测序的菌群各样性构成谱分析能极地面教学物种分类武断的精确性，完了“高分离率”检测的同期，也为深远阐释菌群的代谢功能奠定了基础。
盘问论断： 总而言之，运用三代测序时期进行菌群各样性构成谱领路，将获取更为精确全面的扫尾。
巴黎世家 丝袜 3. 派森诺上风 2016年，派森诺生物在原有的PacBio RS II三代高通量测序仪基础上，率先部署最新款Sequel测序仪，并已干涉使用，独家提供16S rRNA基因全长和ITS全长测序分析奇迹，助力微生物组盘问！当作行业时尚，派森诺生物将一如既往地运用“领路序列，讲解生命”的理念，剿袭“安身客户需要，振作个性需求”的奇迹方针，恒久如一地提供性价比最高、最优质、最快速踏实的高通量测序和数据领路决策。
参考文件 Singer, E., Bushnell勾引 处男, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.